যৌগিক অণুবীক্ষণ যন্ত্রের প্রধান অংশগুলো হলো যান্ত্রিক এবং আলোক অংশ। যান্ত্রিক অংশের মধ্যে রয়েছে স্ট্যান্ড, আর্ম, বেস, স্টেজ, বডি টিউব এবং নাকপিস।

অন্যদিকে, আলোক অংশের মধ্যে রয়েছে আইপিস, অবজেক্টিভ লেন্স, কনডেন্সার এবং ডায়াফ্রাম। প্রতিটি অংশই পর্যবেক্ষণকে সক্ষম করার জন্য গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে, যার মধ্যে রয়েছে আলো নিয়ন্ত্রণ, বিবর্ধন এবং ছবি ফোকাস করা। 

যান্ত্রিক অংশ (Mechanical Parts)

• স্ট্যান্ড: অণুবীক্ষণ যন্ত্রের মূল কাঠামো, যা বেস-এর উপর একটি উল্লম্ব দণ্ড হিসেবে দাঁড়িয়ে থাকে।
• আর্ম: স্ট্যান্ডের উপরের বাঁকানো অংশ, যা মাইক্রোস্কোপের মাথাকে বেসের সাথে সংযুক্ত করে এবং বহন করতে সাহায্য করে।
• বেস: অণুবীক্ষণ যন্ত্রের নীচের পাটাতন, যা যন্ত্রটিকে সমর্থন করে এবং এতে সাধারণত আলোর উৎস থাকে।
• স্টেজ: আর্মের নিচের অংশে অবস্থিত একটি সমতল প্ল্যাটফর্ম, যেখানে স্লাইড রাখা হয়। এতে ক্লিপ থাকে যা স্লাইডকে স্থির রাখে।
• বডি টিউব: একটি নলাকার অংশ, যার এক প্রান্তে আইপিস এবং অন্য প্রান্তে অবজেক্টিভ লেন্স থাকে।
• নাকপিস (Nosepiece): বডি টিউবের নিচের অংশে সংযুক্ত একটি ঘূর্ণায়মান অংশ, যাতে বিভিন্ন বিবর্ধনের অবজেক্টিভ লেন্সগুলো থাকে। 

আলোক অংশ (Optical Parts)

• আইপিস (Ocular Lens): এই লেন্সটি দিয়ে দর্শক সরাসরি নমুনাটি দেখেন। এটি সাধারণত ১০x বিবর্ধন ক্ষমতা সম্পন্ন হয় এবং অবজেক্টিভ লেন্সের তৈরি করা প্রাথমিক প্রতিবিম্বকে আরও বড় করে।
• অবজেক্টিভ লেন্স (Objective Lenses): নমুনার সবচেয়ে কাছাকাছি থাকা লেন্সগুলো। এই লেন্সগুলো নমুনা থেকে আলো সংগ্রহ করে এবং প্রাথমিক প্রতিবিম্ব তৈরি করে। একটি অণুবীক্ষণ যন্ত্রে বিভিন্ন বিবর্ধনের (যেমন ৪x, ১০x, ৪০x) একাধিক অবজেক্টিভ লেন্স থাকে, যা নাকপিস ঘোরানোর মাধ্যমে পরিবর্তন করা যায়।
• কনডেন্সার (Condenser): স্টেজ এবং অবজেক্টিভ লেন্সের মধ্যে অবস্থিত একটি লেন্স, যা আলোকরশ্মিকে একটি নির্দিষ্ট বিন্দুতে কেন্দ্রীভূত করে নমুনার উপর ফেলে। এর ফলে নমুনার মধ্য দিয়ে আলোকরশ্মি সঠিকভাবে প্রবাহিত হয়।
• ডায়াফ্রাম (Iris Diaphragm): কনডেন্সারের নিচে থাকে এবং নমুনার উপর পতিত আলোর পরিমাণ নিয়ন্ত্রণ করে। এটি আলোর তীব্রতা নিয়ন্ত্রণ করতে সাহায্য করে।