ইফতারে পাকা পেঁপে স্বাস্থ্যের জন্য অত্যন্ত উপকারী হলেও, এর সাথে কিছু নির্দিষ্ট খাবার খাওয়া হজমের সমস্যা তৈরি করতে পারে। পেঁপেতে থাকা প্যাপাইন (Papain) এনজাইম অন্যান্য খাবারের উপাদানের সাথে মিশে শরীরে বিরূপ প্রতিক্রিয়া সৃষ্টি করতে পারে। 
নিচে বিস্তারিত আলোচনা করা হলো:
দুগ্ধজাত খাবার: পেঁপের সাথে দুধ, দই বা পনির খাওয়া এড়িয়ে চলুন। পেঁপের এনজাইম দুধকে জমাট বাঁধিয়ে ফেলে, যার ফলে পেটে গ্যাস, বদহজম এবং পেট ফাঁপার মতো সমস্যা হতে পারে।
টকজাতীয় ফল: লেবু বা কমলার মতো টক ফলের সাথে পেঁপে মেশানো ঠিক নয়। এই সংমিশ্রণে শরীরে অ্যাসিড রিফ্লাক্স বা বুক জ্বালাপোড়া হওয়ার ঝুঁকি থাকে।
উচ্চ প্রোটিনযুক্ত খাবার: ইফতারে পেঁপে খাওয়ার সাথে সাথে মাংস, মাছ বা ডিম খাবেন না। পেঁপের প্যাপাইন এনজাইম প্রোটিন ভাঙতে সাহায্য করলেও, অতিরিক্ত প্রোটিনের সাথে এটি হজমপ্রক্রিয়াকে জটিল করে তুলতে পারে।
ভাজাপোড়া ও চর্বিযুক্ত খাবার: পেঁপে একটি হালকা ফল। ইফতারে অতিরিক্ত তেল-চর্বিযুক্ত বা ভাজাপোড়া খাবারের সাথে এটি খেলে হজমের গতি ধীর হয়ে যায় এবং পেটে অস্বস্তি হতে পারে।
ঝাল ও মশলাদার খাবার: ঝাল খাবারের সাথে পেঁপে খেলে পাকস্থলীতে জ্বালাপোড়া বা অ্যাসিডিটি বাড়তে পারে। আয়ুর্বেদ শাস্ত্র অনুযায়ী পেঁপে শরীরকে শীতল করে আর ঝাল খাবার তাপ উৎপন্ন করে, যা শরীরের তাপমাত্রার ভারসাম্য নষ্ট করতে পারে।
আচার বা গাঁজানো খাবার: আচারের মতো খাবারে থাকা প্রোবায়োটিক পেঁপের এনজাইমের সাথে মিশে হজমে ব্যাঘাত ঘটাতে পারে।
শসা: অনেকের মতে পেঁপের সাথে শসা খেলে পেট ফাঁপা বা ডায়রিয়ার মতো সমস্যা দেখা দিতে পারে। 
টিপস: ইফতারে পেঁপের পূর্ণ উপকার পেতে এটি অন্যান্য ভারী খাবার থেকে অন্তত ৩০ মিনিট আগে বা পরে খাওয়া ভালো।