সরকারি প্রাথমিক বিদ্যালয়ের অযোগ্য, দুর্নীতিপরায়ণ বা অনিয়মে জড়িত প্রধান শিক্ষককে অপসারণ বা শাস্তির আওতায় আনতে হলে "সরকারি কর্মচারী (শৃঙ্খলা ও আপিল) বিধিমালা, ২০১৮" অনুযায়ী আইনি প্রক্রিয়া অনুসরণ করতে হয়. যেহেতু সরকারি প্রাথমিক বিদ্যালয়ের শিক্ষকরা এখন সরকারি কর্মচারী, তাই কোনো শিক্ষককে সরাসরি বা তাৎক্ষণিকভাবে চাকরি থেকে বরখাস্ত বা অপসারণ করা যায় না; নির্দিষ্ট প্রশাসনিক ধাপ ও তদন্তের মাধ্যমে এটি কার্যকর করতে হয়. 

অপসারণের মূল নিয়ম এবং ধাপগুলো নিচে তুলে ধরা হলো:

প্রধান শিক্ষকের অনিয়ম, আর্থিক দুর্নীতি, অযোগ্যতা বা স্বেচ্ছাচারিতার সুনির্দিষ্ট প্রমাণসহ প্রথমে লিখিত অভিযোগ করতে হবে. [1, 2]

অভিযোগ প্রাপ্তির পর ঊর্ধ্বতন কর্তৃপক্ষ (যেমন- জেলা বা উপজেলা শিক্ষা অফিস) বিষয়টি খতিয়ে দেখার জন্য একটি তদন্ত কমিটি গঠন করে. 

তদন্তে দোষ প্রমাণিত হলে অভিযুক্ত প্রধান শিক্ষকের বিরুদ্ধে বিভাগীয় মামলা রুজু করা হয়. 

অভিযুক্ত প্রধান শিক্ষক তার আত্মপক্ষ সমর্থনে লিখিত জবাব দাখিল করেন. প্রয়োজনে তিনি ব্যক্তিগত শুনানিতে (Hearing) অংশ নিয়ে নিজের বক্তব্য পেশ করতে পারেন. সব তথ্য-প্রমাণ ও শুনানি পর্যালোচনা করে তদন্ত কর্মকর্তা চূড়ান্ত প্রতিবেদন দাখিল করেন. 

"সরকারি কর্মচারী (শৃঙ্খলা ও আপিল) বিধিমালা, ২০১৮" অনুযায়ী অপরাধের মাত্রা ভেদে দুই ধরণের দণ্ড দেওয়া হয়: 

বিশেষ দ্রষ্টব্য: কোনো প্রধান শিক্ষকের বিরুদ্ধে ফৌজদারি মামলায় ১ বছরের বেশি কারাদণ্ড হলে তিনি স্বয়ংক্রিয়ভাবে চাকরি হারাবেন. এছাড়া, তাৎক্ষণিক ব্যবস্থা হিসেবে অনিয়মে জড়িত শিক্ষকদের সাময়িক বরখাস্ত কিংবা অন্য কোনো দুর্গম অঞ্চলে তাৎক্ষণিক বদলিও করা হয়ে থাকে.