১৫৭৬ সালে রাজমহলের যুদ্ধে দাউদ খান কররানীর পরাজয়ের মাধ্যমে বাংলায় মুঘল শাসনের সূচনা হয়। সম্রাট আকবরের আমলে বাংলা মুঘল সাম্রাজ্যের একটি গুরুত্বপূর্ণ প্রদেশে পরিণত হয়। মুঘল শাসনামলে বাংলায় প্রশাসন, কৃষি, বাণিজ্য ও শিল্পের ব্যাপক উন্নতি ঘটে।

ইসলাম খান ১৬১০ সালে বাংলার রাজধানী রাজমহল থেকে ঢাকায় স্থানান্তর করেন এবং ঢাকার নাম জাহাঙ্গীরনগর রাখেন। তাঁর সময়ে বাংলার বিভিন্ন অঞ্চলে মুঘল কর্তৃত্ব সুদৃঢ় হয়। পরবর্তীতে শায়েস্তা খান-এর শাসনামলে বাংলার অর্থনীতি ও বাণিজ্যের উন্নতি ঘটে এবং চট্টগ্রাম মুঘলদের দখলে আসে।

মুঘল আমলে বাংলা মসলিন, রেশম, নীল ও অন্যান্য পণ্যের জন্য বিখ্যাত ছিল। ইউরোপীয় বণিকদের আগমন ও বাণিজ্য সম্প্রসারণের ফলে বাংলার অর্থনৈতিক গুরুত্ব আরও বৃদ্ধি পায়।

১৭০৭ সালে আওরঙ্গজেবের মৃত্যুর পর মুঘল সাম্রাজ্যের দুর্বলতা শুরু হলে বাংলার নবাবরা ধীরে ধীরে স্বাধীনভাবে শাসন করতে থাকেন। সিরাজউদ্দৌলার পরাজয় ও পলাশীর যুদ্ধ (১৭৫৭)-এর মাধ্যমে বাংলায় মুঘল শাসনের কার্যত অবসান ঘটে এবং ইংরেজ ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানির রাজনৈতিক প্রভাব প্রতিষ্ঠিত হয়।